
Sowohl bei der ersten, kurzlebigen Gründung der Universität Würzburg im Jahre 1402 als auch bei ihrer Wiederbegründung durch Fürstbischof Julius Echter (1582) gab es keine Universitätsbibliothek als zentrale Einrichtung. Eine solche wurde erst unter seinem Nachfolger Gottfried von Aschhausen 1619 ins Leben gerufen. Diese „Bibliotheca Academica Godefridiana“ war bis 1981 im Renaissancegebäude der Alten Universität in der Domerschulstraße untergebracht. Sie wuchs durch Ankauf privater Büchersammlungen des Augsburger Domherrn Johann Georg von Werdenstein, des Würzburger Domvikars Paul Wenger und des Augsburger Bürgers Johann Baptist Welser rasch an. Der Dreißigjährige Krieg bedeutete einen schweren Rückschlag, der erst durch die umsichtige Erwerbungspolitik des Bischofs Johann Philipp von Greiffenclau (1699-1719) wettgemacht werden konnte. Er förderte die Bibliothek aus eigenem Besitz, erwarb für sie aber auch die privaten Sammlungen Johann Salentin Faust von Stromberg und Wolfgang Fabricius. Schließlich fielen die Bücherei des Würzburger Jesuitenkollegs nach Auflösung des Ordens (1773) und die Privatbibliothek des aufklärerisch gesinnten Fürstbischofs Franz Ludwig von Erthal an die Universitätsbibliothek.
Durch die Enteignung kirchlichen Besitzes als Entschädigung für verlorene weltliche Herrschaften, die sogenannte Säkularisation, strömte aus dem Gebiet des ehemaligen geistlichen Fürstentums Würzburg seit 1803 eine wahre Bücherflut in der Domerschulstraße zusammen, darunter wertvolle Handschriften und Inkunabeln. Diese Werke kamen u.a. aus den aufgelösten Sammlungen der Dombibliothek, der Kollegiatsstifte Haug und Neumünster, der Benediktinerabteien St. Stephan und St. Jakob (Schottenkloster). Dazu kamen Bestände zahlreicher säkularisierter Klöster von außerhalb der Stadt, z.B. des Benediktinerklosters Münsterschwarzach, der Zisterzienserabteien Ebrach, Bildhausen und Bronnbach und der Kartausen Grünau, Astheim, Ilmbach und Tückelhausen.
Die Integration der gewaltigen Bestände gelang nur zu einem kleinen Teil. Nur ca 10.000 Bände wurden eingegliedert, der Rest wurde in Dublettensammlungen gehortet oder gleich veräußert. 1806 war der Gesamtbestand auf 25.500 Bände angewachsen.
Durch Schenkungen und Kauf kamen im 19. Jahrhundert weitere private Bibliotheken hinzu, wie z.B. die Sammlungen des Universitätskurators Franz Wilhelm von Asbeck und des Arztes Johann Lukas Schönlein. Die Fürstlich-Leiningensche Bibliothek zu Amorbach und die Bücherei des Oberpflegers des Juliusspitals Horn wurden um die Mitte des 19. Jahrhunderts erworben. Der einstige Kurfürst von Mainz, Karl Theodor von Dalberg, übertrug der Hochschule, deren Rektor er zeitweise war, 38.000 Gulden und die Hälfte seiner Gefälle als Stiftungsvermögen. Mit der Einstellung des ersten hauptamtlichen „Oberbibliothekars“ Anton Ruland ( 1850 – 1874) wurden die Grundlagen einer effektiven Bibliotheksverwaltung gelegt: planmäßige Erwerbung, ausführliche Kataloge, die Erweiterung des Personalbestandes u.a. gingen auf die eigenverantwortliche Initiative von Ruland zurück.
Der räumlichen Enge konnte man durch einen inneruniversitären Raumtausch begegnen: Die Universität zog 1896 in ihren repräsentativen Neubau am Sanderring, die Bibliothek richtete sich im alten Bau in der Domerschulstraße neu ein. 1907 war der Bestand auf 370.000 Bände angewachsen. Eine langsame und stetige Erweiterung vollzog sich auch noch in den Jahren des Ersten Weltkriegs und der Weimarer Republik. Bei der letzten Zählung vor der Zerstörung Würzburgs stellte man 462.000 Bände fest.

Am 16. März 1945 wurde ein Großteil der Stadt Würzburg bei einem Bombenangriff ausgelöscht , darunter die Universitätsbibliothek, deren Gebäude völlig ausbrannte und deren Bestände, soweit nicht vorher ausgelagert, zu 80% vernichtet wurden. Dieser größten Katastrophe in der Geschichte der Bibliothek folgte eine Epoche des mühevollen Wiederaufbaus, was das Gebäude, aber auch die Ergänzung und Erweiterung der Buchbestände anging. Erst 1957 war die Wiederherstellung der Räume im bescheidenen Rahmen abgeschlossen: es gab einen Lesesaal mit 80 Arbeitsplätzen, einen Handschriften- und Zeitschriftenlesesaal.

Der sprunghafte Anstieg der Studentenzahlen, der Benutzung und der neuerworbenen Literatur machte einen Neubau für die Zentralbibliothek notwendig, der schließlich 1981 im Erweiterungsgelände der Universität am Hubland bezogen werden konnte. Die Bibliothek ist inzwischen ein zentrales Dienstleistungsunternehmen der Universität und der nun über 20 Jahre alte, nach den Plänen des Architekten Freiherr von Branca errichtete Bau ist für ihre Angehörigen, aber selbstverständlich auch für die Menschen der Region an mehr als 340 Tagen im Jahr geöffnet. Der heutige Bestand der Universitätsbibliothek (Zentralbibliothek mit allen Fakultäts-, Instituts- und Klinikbibliotheken) umfasst mehr als 3,4 Millionen Medieneinheiten aus mehr als zwei Jahrtausenden, vom Sosylos-Papyrus aus dem Ägypten des 2. vorchristlichen Jahrhunderts über 2.257 mittelalterliche Handschriften, 2.949 frühneuzeitliche Inkunabeln und ca. 8.000 aktuelle Zeitschriften bis hin zur Multimedia-DVD unserer Tage.