Die Handschriftensammlung der Universitätsbibliothek umfasst ca. 1500 mittelalterliche und 800 neuzeitliche Handschriften.

Der Grundstein der Sammlung wurde bereits in den Jahren der Universitätsgründung gelegt, den entscheidenden Zuwachs erfuhr sie jedoch durch die Säkularisation der Kloster- und Stiftsbibliotheken in und um Würzburg 1803.

Codices, deren Datierung bis ins 5. Jahrhundert zurückreicht, der hochkarätige und provenienzgeschichtlich homogene Bestand der ehemaligen Würzburger Dombibliothek des 8. und 9. Jahrhunderts und eine Reihe weiterer außergewöhnlicher Sonderbestände, von der 216 Stücke umfassenden Papyrussammlung über illuminierte Manuskriptfragmente bis zu mittelalterlichen Siegelurkunden, machen die Würzburger Handschriften zu einer Sammlung von europäischem Rang.